乙肝患者发生肝癌的风险较正常人大幅度上升。甲胎蛋白是传统的肝癌标志物。
甲胎蛋白升高幅度对不同HBV感染相关疾病的患者来说，临床意义也并不相同。甲胎蛋白高固然可提示肝癌的发生，但对于无症状HBV携带状态的患者而言，即便甲胎蛋白升高幅度不大也应警惕肝癌的可能。
甲胎蛋白（AFP）是一种糖蛋白，正常情况下在妊娠期由胎儿肝脏和卵黄囊产生，原发性肝癌患者的血清AFP浓度通常是升高的。
血清AFP水平与原发性肝癌的其他临床特征(如，大小、分期或预后)的相关性并不是很好。
临床上血清AFP升高可见于妊娠期、性腺来源(包括生殖细胞和非生殖细胞)的肿瘤和多种其他恶性肿瘤(其中胃癌最常见)。
并非所有的肝癌均分泌AFP，多达40%的小肝癌患者，其血清AFP浓度在正常范围内。
与酒精性肝病引起的肝癌患者相比，病毒性肝炎引起的肝癌患者更可能出现血清AFP升高。
AFP持续升高的肝硬化患者发展为肝癌的风险高于AFP值波动或处于正常水平的患者。
有慢性肝病但无原发性肝癌(如，急性或慢性病毒性肝炎)的患者也可能出现血清AFP升高。
若肝硬化或乙型肝炎患者出现血清AFP升高，则应关注是否已发展为原发性肝癌。
如甲胎蛋白呈低浓度阳性持续达2个月或更久，谷丙转氨酶正常，应特别警惕亚临床肝癌的存在。
正常怀孕的妇女也会出现甲胎蛋白的一时性升高，但升高的幅度不如肝癌那样高。胎儿期甲胎蛋白由孕妇的卵黄囊和胎儿肝脏产生，甲胎蛋白是胎儿的正常血浆蛋白成分，是胚胎早期的主要蛋白质。妊娠期妇女甲胎蛋白会明显升高，一般在妊娠后3个月，甲胎蛋白就明显升高，到7-8月孕妇母血中AFP量达到最高峰并相对稳定，但其仍旧低于400 NG/ML，约在产后3周后逐渐恢复正常水平。与胎儿肝脏发育有关，新生儿生长发育比较活跃，也会出现甲胎蛋白的升高。
急/慢性肝炎、重症肝炎恢复期或肝硬化时，患者的血清甲胎蛋白可出现升高，但通常升高的幅度比较小，且持续的时间比较短。
例如，肝硬化病人血清甲胎蛋白浓度多在25～200 NG/ML之间，一般在2个月内随病情的好转而下降，多数不会超过2个月；同时伴有转氨酶升高，当转氨酶下降后甲胎蛋白也随之下降，血清甲胎蛋白浓度常与转氨酶呈平行关系。如果甲胎蛋白浓度长期处于高水平（在500 NG/ML以上），或呈进行性增高，则应警惕肝癌的发生。
生殖细胞肿瘤是发生于生殖腺或生殖腺外的肿瘤。包括畸胎瘤，卵黄囊瘤，生殖细胞肿瘤如精原细胞癌等。
产甲胎蛋白的胃癌 (AFPGC) 是一种相对少见的胃癌，高 AFP 水平的胃癌被称为 AFPGC，约占胃癌的 2.7 ~ 8%。
AFPGC 是指经过病理或组织学检查确诊，伴有血清 AFP 升高，并可以排除肝炎、肝硬化、肝细胞癌及生殖细胞恶性肿瘤等其他疾病的胃癌。
尽管临床将AFP用于诊断HCC本身存在问题，但它已成为一个重要的预后指标，尤其是对于行肝切除术和考虑行肝脏移植的患者。不论肿瘤大小如何，AFP水平>1000ΜG/L的患者在肝脏移植后复发的风险极高。
血清甲胎蛋白常规应用于肝细胞癌（HCC）筛查和临床诊断。但由于小肝癌诊断比例不断增加，AFP的灵敏度逐步下降。2011年美国肝病学会HCC诊疗指南不再将AFP作为HCC的筛查指标。但由于我国HCC病因多为乙型肝炎，AFP作为HCC早期筛查手段仍有重要意义。对血清AFP正常或轻度升高的HCC高危人群，需动态观察并结合肝生化学、影像学及肝穿刺活组织学检查结果综合评估。
肝癌患者的治疗过程中，甲胎蛋白水平的变化，也有重要的意义。如在手术或射频消融术后，疗效好的肝癌患者，其甲胎蛋白水平会在术后1~2月逐渐恢复正常；而甲胎蛋白持续不降低，往往提示治疗不彻底；甲胎蛋白降低后又增高，提示肝癌复发的可能。
随着医疗影像学的不断发展，我们“眼睛”的透视能力也越来越强。腹部超声检查就是医疗影像学进步的表现之一。这项检查因其简单、便捷且对患者无害等多个优点被广大医院作为最常用的HCC筛查和检测手段。
美国肝病学会、欧洲肝病学会等各大学会指南均把CT作为肝癌的常规检查之一。增强CT诊断肝癌的敏感度和特异度分别为71%、87%，并且肿瘤直径＞2CM组的诊断准确度高于直径1～2CM和直径＜1CM组。
已有研究表明，MRI能够准确显示肝癌，可用于发现其他检查手段（例如CT等）无法显示的病变。但其不足之处在于，对＜1CM的肝癌病灶和肝硬化并发肝癌的显示效果不理想。
